负责全所科技规划、开题结题、到款合同管理。对基础科研处、工程科研处实行统一管理和资源调配。

下辖处室：

1.基础科研处: 负责基础预研及前沿交叉领域项目的争取；负责研究所自主部署项目的立项及管理；负责全国重点实验室及科研领域实验室管理；负责基础及前沿交叉领域科研发展方向、学科规划建设、学术交流、信息统计工作，负责国际合作与交流管理。

2.工程科研处: 负责工程型号项目、军民融合项目、人才项目的争取；负责科研项目投标、方案论证、合同签订及评审等；负责甲方或机关、总体（立项）关注的里程碑节点检查、招投标及关键核心供应链选择决策等；负责工程领域科研发展方向和学科建设规划及学术交流工作。